Onderzoeksgroepen

Hieronder zijn (voor nu nog) een deel van de onderzoeksgroepen te vinden waar jij een stage zou kunnen lopen.

Biomolecular Mass Spectrometry and Proteomics

Proffessor: Albert Heck
Interessegebied: Massa spectrometrie
Website: https://www.hecklab.com/

De studie naar alle eiwitten die de basis van het leven vormen, wordt proteomics genoemd en staat centraal in onze onderzoeksgroep Biomolecular Mass Spectrometry and Proteomics. De techniek die worden toegepast om onderzoek te doen naar het proteoom is, zoals de naam van de onderzoeksgroep al doet vermoeden, Massaspectrometrie (MS). Massaspectrometrie is een techniek die de karakterisering van moleculen in cellen toestaat door moleculen op te breken in ionen en de mass-to-charge ratio te bepalen. Wees niet bang voor de de complexe theorie achter de werking van dit mechanisme, hier houden veel mensen in onze onderzoeksgroep zich niet dagelijks mee bezig. Door MS toe te passen kunnen samenwerkende eiwitten en andere biomoleculen in cellen worden geïdentificeerd. Binnen de onderzoeksgroep zijn er verschillende specialisaties en is er plaats voor bachelor en masterstudenten die stage willen lopen. Het tweedejaarsvak Massaspectrometrie en Analyse geeft een goede introductie over ons onderzoeksgebied. Bekijk de website https://www.hecklab.com voor meer informatie over de mensen binnen de onderzoeksgroep en actueel gepubliceerde artikelen.


Cellular Protein Chemistry

Proffessor: Stefan Rüdiger, Ineke Braakman
Interessegebied: Controlling protein damage, Protein Folding in the ER
Website: https://www.uu.nl/en/research/cellular-protein-chemistry

Op de afdeling Cellular Protein Chemistry wordt onderzocht hoe eiwitten in cellen hun juiste vouwingstoestand kunnen bereiken, hoe helpereiwitten genaamd chaperonnes hierbij helpen (Prof. dr. Ineke Braakman en Dr. Peter van der Sluijs) en hoe deze chaperonnes precies werken (Dr. Stefan Rüdiger). Hierbij wordt gebruik gemaakt van onder meer radioactieve pulse-chase en microscopische technieken om de kinetiek van vouwings- en transportprocessen van medisch relevante modeleiwitten, namelijk de envelop-eiwitten van Influenza- en HIV-virus, de LDL-Receptor (cholesterol opname), en CFTR (Cystic Fibrosis), in levende cellen te ontrafelen. Om te onderzoeken hoe Hsp90 assisteert in de vouwing van substraateiwitten wordt gebruik gemaakt van aggregatieproeven en fluorescentiemetingen om te bepalen waar en hoe de interactie tussen beiden plaatsvindt. Het onderzoek is niet eenvoudig, maar wel zeer uitdagend. Wil je meer weten, kom dan gerust eens langs op de oostvleugel van het Kruytgebouw op de zevende verdieping.


Crystal and Structural Chemistry

Proffessor: Piet Gros, Eric Huizinga
Interessegebied: Eiwit Crystallografie
Website: https://www.uu.nl/en/research/crystal-and-structural-chemistry

Binnen de Kristal- en Structuurchemie groep wordt de 3-dimensionale structuur van eiwitten en eiwitcomplexen bestudeerd met de focus op membraan gerelateerde en biomedisch relevante processen. De groep is onderverdeeld in diverse subgroepen met specifieke onderzoeksthema’s zoals het complementsysteem (Piet Gros), bloedstolling (Eric Huizinga) en communicatie tussen Glia cellen en neuronen (Bert Janssen), zie de website voor de verdere subgroepen. Bij al deze processen spelen moleculaire herkenning en communicatie tussen multimodulaire eiwit-complexen een grote rol. Voor het begrijpen van deze processen is inzicht in de 3D-structuur van de betrokken eiwit-complexen cruciaal; het geeft ons een kijkje in de moleculaire interacties die betrokken zijn bij herkenning, verschaft inzicht in structurele veranderingen en leidt tot begrip van de moleculaire mechanismen. De methodes die gebruikt worden voor 3D structuuropheldering zijn: eiwitkristallografie, cryo-elektronenmicroscopie en cryo-electron tomografie. Het labwerk bestaat daarnaast uit eiwit zuiveringen en biochemische en biofysische analyses om eiwit kwaliteit, stabiliteit, functionaliteit en eiwit interacties te bepalen.


NMR spectroscopy

Proffessor: Marc Baldus, Alexandre Bonvien
Interessegebied: NRM spectroscopie
Website: https://www.uu.nl/en/research/nmr

Veel studenten denken dat NMR-spectroscopie ingewikkeld onderzoek is. De theorie achter NMR is inderdaad lastig, maar daar houden de meesten van ons zich niet dagelijks mee bezig. NMR-spectroscopie is een techniek waarmee structuurbiologische informatie wordt verkregen. In de NMR-spectroscopy onderzoeksgroep zijn er verschillende divisies die zich bezighouden met hun eigen lopende onderzoek. Het onderzoek in de groep van dr. Hugo van Ingen richt zich op de moleculaire basis van chromatinefunctie, essentieel voor de regulatie van genexpressie, replicatie en DNA-schadeherstel. De medewerkers van Marc Baldus doen onderzoek aan membraaneiwitten en -complexen, maar ook aan materialen zoals katalysatoren. De groep van Markus Weingarth werkt aan peptiden die erg effectief blijken tegen multiresistente bacteriën, door een uniek affiniteitsmechanisme lopen zij een heel kleine kans resistentieontwikkeling. De medewerkers van prof. Alexandre Bonvin werken onder andere aan het  programma Haddock dat structuurbiologische informatie (verkregen met NMR) vertaalt naar modellen van biomoleculaire complexen. Erg afwisselende projecten dus, maar allemaal stuk voor stuk zeer interessant.


Membrane Biochemistry and Biophysics

Proffessor: Antoinette Killian, Eefjan Breukink, Toon de Kroon
Interessegebied: Membranen
Website: http://mbb.science.uu.nl/

Het onderzoek van de onderzoeksgroep Membrane Biochemistry and Biophysics is gericht op de moleculaire mechanismen achter processen waarbij biologische membranen betrokken zijn. Interacties tussen membraaneiwitten en lipiden zijn van essentieel belang voor membraanbiogenese, membraanorganisatie en membraanfunctie. Het doel van het onderzoek is om de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan de assemblage, organisatie, homeostase en functie van het membraan te ontrafelen, met speciale nadruk op de betrokken lipide-eiwitinteracties. Biofysische technieken die bij dit onderzoek worden gebruikt, zijn onder meer fluorescentiespectroscopie, circulair dichroïsme, bereiding van modelmembranen, calorimetrie (DSC, ITC), vaste stof NMR, dunne-laag-chromatografie en massaspectrometrie. Deze technieken worden gebruikt in combinatie met peptide- en eiwitsynthese/expressie/zuivering, klonen, plaatsgerichte mutagenese, gebruik van microarrays, biomembraanisolatie en behandelingsmethoden.


Cryo-Electron Microscopy

Proffessor: Friedrich Förster, Tzviya Zeev-Ben-Mordehai
Interessegebied: Structural Biology, Membrane Fusion
Website: https://www.uu.nl/en/research/cryo-em

Binnen de onderzoeksgroep Cryo-Electron Microscopy zijn ze geïnteresseerd in de moleculaire organisatie van biochemische processen en biomoleculen binnen de cel. Er wordt onderzoek naar deze processen gedaan door cryo-electron microscopy (EM) in te zetten. Cryo-EM is een techniek die je in staat stelt naar extreme vergrotingen van cellen en haar componenten te kijken, hierbij wordt het sample (een biomoleculair complex) afgekoeld tot cryogenische temperaturen in een waterachtige omgeving. Door Cryo-EM is het mogelijk om op extreem hoge resolutie driedeminesionale opnames van de te bestuderen biomoleculaire complexen te maken in physiologische condities! Voor stageplekken zijn er voor jou mogelijkheden om kennis op te doen en training te doen over eiwitexpressie en -zuivering, celculturen, moleculaire Cryo-Electron Microscopy/ Tomography, Image processing en programmeren! 


Chemical Biology and Drug Discovery

Proffessor: Geert Jan Boons
Interessegebied: Geneesmiddelen Onderzoek
Website: https://www.uu.nl/en/research/chemical-biology-and-drug-discovery


Theoretische biologie en bioinformatica

Proffessor:
Interessegebied:
Website: https://bioinformatics.bio.uu.nl/

De nieuwe theoretische technieken toegepast in de leerstoelgroep Theoretische Biologie en Bioinformatica maken het steeds beter mogelijk om de complexe biologische systemen (bestaande uit interactieve building blocks zoals moleculen, cellen en organismen) te bestuderen. De leerstoelgroep is opgedeeld in een Theoretische biologie-eenheid (onder leiding van Rob de Boer) en een Bioinformatica-eenheid (onder leiding van Berend Snel) die elk een eigen biologische focus hebben. Wat de onderzoeksgroepen gemeen hebben is dat ze gebruik maken van computerbiologische technieken variërend van bio-informatica en wiskundige modellering tot computersimulatie. Deze technieken worden bijvoorbeeld toegepast voor de studie naar het immuunsysteem, virusinfecties, evolutionaire ontwikkelingen, genetische netwerken en genoom evolutie. De eerstejaars biologie cursus Systeembiologie geeft een goede inleiding over de rol van theoretisch onderzoek in de biologie. Mocht dit je aanspreken, en ben je geïnteresseerd in een stageplek, kun je verder lezen op  http://tbb.bio.uu.nl voor verdere informatie en een overzicht van het onderzoek dat alle leden in onze onderzoeksgroep doen.


Ontwikkelingsbiologie

Proffessor:
Interessegebied:
Website: http://web.science.uu.nl/developmentalbiology/


Cellular Dynamics

Proffessor: Anna Akhmanova
Interessegebied:
Website:

Deze onderzoeksgroep valt onder de research division “Cell biology, Neurobiology and Biophysics” (vaak afgekort tot Cell Biology), hier hanteren ze andere handelingen voor het regelen van een scriptie stageplek, lees dat hier terug. Bij de onderzoeksgroep Cellular Dynamics bestuderen ze de organisatie van het cytoskelet en verschillende vervoersprocessen in de cel, die bijdragen aan cel polarisatie, differentiatie, gewervelde ontwikkeling en ziektes. Hierbij ligt er een grote focus op onderzoek naar het microtubule cytoskelet, bijvoorbeeld welke eiwitten interactie hebben met de twee uiteinden van de microtubules. Tijdens dit onderzoek wordt er gebruik gemaakt van hoge resolutie live-cell imaging en quantitatieve analyse van cytoskelet dynamiek en verschillende methodes die eiwit-eiwit interacties kunnen identificeren (in-vitro binding studies, pull-down assays, yeast-two hybrid screens en massaspectrometrie eiwit identificatie). Voor het microtubule onderzoek wordt er bijvoorbeeld gebruik gemaakt van Plus-end tracking proteins (+TIPs) , een groep van factoren die specifiek met het groeiende uiteinde van microtubules interactie hebben. Voor meer voorbeelden van lopend onderzoek; zie de website.


Molecular Neuroscience

Proffessor: Casper Hoogenraad
Interessegebied:
Website:

Deze onderzoeksgroep valt onder de research division “Cell biology, Neurobiology and Biophysics” (vaak afgekort tot Cell Biology), hier hanteren ze andere handelingen voor het regelen van een scriptie stageplek, lees dat hier terug.


Molecular Oncology

Proffessor: Paul van Bergen en Henegouwen
Interessegebied:
Website:


Theoretical Biophysics

Proffessor: Florian Berger
Interessegebied:
Website:


Neuronal Organelle Dynamics

Proffessor: Ginny Farías
Interessegebied:
Website:


Biophysics

Proffessor: Lukas Kapitein
Interessegebied:
Website:


Axonal Signalling

Proffessor: Maarten Kole
Interessegebied:
Website:


Synapse organization

Proffessor: Harold MacGillavry
Interessegebied:
Website:


Molecular Targeted Therapies

Proffessor: Sabrina Oliveira
Interessegebied:
Website:


Cellular Electron Miroscopy

Proffessor: Jan Andries Post
Interessegebied:
Website:


Synaptic Physiology

Proffessor: Corette Wierenga
Interessegebied:
Website: